El Colegio de San Luis forma parte de la oferta científica y académica de los centros de investigación del Conacyt asentados en la entidad, como el Instituto Potosino de Investigación Científica y Tecnológica (Ipicyt), las subsedes del Centro de Investigación y Asistencia en Tecnología y Diseño del Estado de Jalisco (CIATEJ), el Centro de Tecnología Avanzada (Ciateq), el Centro de Ingeniería y Desarrollo Industrial (Cidesi) y el Centro de Investigación en Química Aplicada (CIQA). A ellos se suma la presencia del Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias (INIFAP), que tiene un campo y dos sitios experimentales; el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH), y el Colegio de Postgraduados en Ciencias Agrícolas (Colpos).
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